Applications:

• Vasp
• Quantum espresso
• CP2K
• Matlab
• Wien2k
• SILVACO
• Miniconda 2 and 3
• CNVnator
• ROOT
• WRF
• SBDART Model
• ROMSAF
• WACCM
• NCL
• RT Model
• Schrodinger
• Gaussian
• Lammps
• Gromacs
• SciLab
• ANSYS
• Molpro
• AIIMS

Tools:

• Sam tools
• Bam tools
• bcf tools
• FastQC
• Graphviz
• Picard
• Sickle
• Cutadapt
• FASTX

Compilers: 

• OpenMPI
• MPICH
• Javac
• Cmake

 Assemblers:

• All Paths
• Celera
• Ray
• SSPACE
• Velvet
• Velvet Optimiser 
• Trinity
• SGA
• SOAP denovo
• SOAP denovo-Trans
• Edena
• Trans-Abyss
• Oases
• Cap3
• CNVnator
• Annovar
• Annocript
• SPADES

Interpreters and Runtime Environments:

• R
• Python
• Bio Python
• Bio conductor
• Perl
• Bio Perl
• Java
• Numpy

Scientific Libraries:

• LAPACK
• BLAS
• FFTW
• SCALAPACK
• HDF5